Действие I
Юный принц Тамино, спасаясь от страшного змея, заблудился и, обессилев, падает без чувств. Появляются три дамы и побеждают чудовище. Они любуются спасённым юношей и решают рассказать о подвиге своей повелительнице — Царице Ночи. Когда Тамино приходит в себя, он видит птицелова Папагено, который делает вид, что спас принца. Три дамы возмущены его бахвальством и наказывают его, повесив замок на рот. Они дарят Тамино портрет дочери Царицы Ночи, Памины, и сообщают, что его спасение — их заслуга. Тамино влюбляется в Памину по портрету и решает спасти её, поскольку она похищена злым волшебником Зарастро. Царица Ночи дарит Тамино волшебную флейту, которая поможет ему победить зло, и приказывает Папагено помочь принцу. В сопровождении трёх мальчиков они отправляются в путь.
Мавр Моностатос охраняет похищенную Памину. Папагено проникает в комнату, где спрятана принцесса. Вид мавра пугает птицелова, но Моностатос тоже пугается и убегает. Папагено рассказывает Памине о любви Тамино к ней и предлагает план побега, с которым она соглашается. Моностатос бросается в погоню за беглецами.
Тамино прибывает к храму Зарастро. Встретившийся ему жрец говорит, что Зарастро вовсе не злой, а справедливый и мудрый правитель, похитивший Памину по велению богов. Жрец подтверждает, что Памина жива. Тамино играет на флейте, надеясь, что Памина откликнется, и слышит в ответ дудочку Папагено. Папагено и Памина пытаются спастись от Моностатоса с помощью колокольчиков, подаренных Царицей Ночи. Колокольчики волшебным образом воздействуют на Моностатоса, и он забывает о беглецах.
Папагено и Памина слышат, как народ восхваляет Зарастро. Памина боится волшебника, но тот обещает ей помочь встретиться с Тамино. Появляется Моностатос с Тамино, и принц с принцессой бросаются в объятия друг друга. Моностатос пытается их разлучить, но Зарастро приказывает наказать мавра, а влюбленных приводит в храм испытаний.